조합원입주권 양도세 계산(+입주권 양도차익, 장기보유특별공제)

조합원입주권 양도세 계산 방법을 4단계로 정리하면서 분담금을 납부한 경우와 청산금을 수령한 경우로 나누어 양도차익을 계산하는 방법을 사례를 통해 정리하고, 조합원 입주권 장기보유특별공제에서 원조합원과 승계조합원의 보유기간 계산 방법, 양도소득세 세율과 보유기간 계산 방법을 정리해보겠습니다.

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조합원입주권 양도소득세

재건축 조합원입주권 양도세
재건축 조합원입주권 양도세

주택을 양도하는 경우

1주택 1조합원합원입주권 등을 보유하다가 조정대상지역에 있는 주택을 양도하는 경우, 1가구 2주택과 마찬가지로 양도세가 중과됩니다(기본세율+20~30%). 다만, 2025. 5. 9.까지 중과세는 한시 배제되고 있습니다.

다만, 1주택 이외에 1조합원입주권을 보유하는 것이 일시적이거나 대체주택, 상속, 혼인, 동거봉양 등 특별한 사정이 있다면 예외적으로 일시적 2주택과 마찬가지로 주택에 관한 양도세가 비과세 됩니다.

조합원입주권을 양도하는 경우

1개의 입주권을 보유하든 몇 개의 입주권을 보유하든 조합원입주권을 양도하는 경우 양도세가 부과되는 것(양도세 집행기준 104-167의 4-2)이 원칙이지만 다주택자처럼 양도세가 중과되지는 않습니다.

다만, 1개의 조합원입주권을 보유하다가 양도하는 경우 일정한 요건을 갖추면 1가구 1주택처럼 비과세를 인정해주고 있습니다.

조합원입주권 양도세 계산 방법

조합원입주권 양도세 계산
조합원입주권 양도세 계산

조합원 입주권 양도세 계산 방법

조합원 입주권 양도소득세는 아래와 같이 4단계에 걸쳐 계산됩니다.

(1) 조합원 입주권의 양도차익은 관리처분계획인가를 기준으로 그 이전과 그 이후로 나누어 계산해야 합니다. 특히 조합원 입주권은 분담금을 납부하거나 청산금을 수령하는 경우가 있으므로 양도차익 계산시 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 공제하는 것 이외에 청산금까지 고려해서 계산해야 합니다.

(2) 조합원 입주권의 양도소득금액은 1단계에서 구한 양도차익에서 장기보유특별공제를 하면 되는데, 이 장특공제는 보유기간과 거주기간에 따라 공제율이 달라집니다. 여기서 보유기간 계산은 원조합원과 승계조합원 여부에 따라 달라지는데, 관리처분계획 인가일 이후에 주택을 취득하면 승계조합원에 해당합니다.

(3) 조합원 입주권의 과세표준은 2단계에서 산출한 양도소득금액에서 기본공제(250만원)를 해서 구합니다.

(4) 조합원 입주권의 양도소득 산출세액은 과세표준에 양도세 세율을 곱한 뒤 누진공제를 하면 산출됩니다. 여기서 양도세 세율은 보유기간에 따라 달라지는데, 보유기간 계산은 원조합원인지 또는 승계조합원인지 여부에 따라 달라집니다.

1. 양도차익 = 양도가액 - 취득가액 - 필요경비
2. 양도소득금액 = 양도차익 - 장기보유특별공제
3. 양도소득 과세표준 = 양도소득금액 - 기본공제
4. 양도소득 산출세액 = 양도소득 과세표준 X 세율 - 누진공제
조합원 입주권 양도차익
조합원 입주권 양도차익

조합원입주권 양도차익

재개발 또는 재건축 사업이 진행되면 기존주택은 관리처분계획 인가일을 기준으로 조합원입주권으로 전환됩니다. 따라서 조합원입주권 양도차익은 관리처분인가일을 기준으로 2가지로 구분됩니다.

  • 관리처분계획인가 전 양도차익
  • 관리처분계획인가 후 양도차익

아래에서는 조합원 입주권 양도차익을 관리처분인가 이전과 이후로 구분하여 계산하고, 이를 분담금을 납부한 경우와 청산금을 수령한 경우로 나누어 정리해보겠습니다.

조합원입주권 양도세 계산(분담금 납부)

조합원입주권 양도세 계산(분담금 납부)
조합원입주권 양도세 계산(분담금 납부)

조합원입주권 양도차익 계산

우선, 조합원입주권 양도차익은 아래의 2가지 양도차익을 각각 계산하여 구한 후 합산합니다.

  • 관리처분계획인가 전 양도차익
  • 관리처분계획인가 후 양도차익

다음, 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 공제하여 구합니다.

양도차익 = 양도가액 - 취득가액 - 필요경비

관리처분계획인가 전 양도차익 계산

관리처분인가 이전의 양도차익은 양도가액 대신에 관리처분계획 인가일을 기준으로 양도가액이라고 평가되는 기존 건물과 그 부수토지 평가액(기존주택 평가액)에서 종전주택 취득가액과 필요경비(관리처분인가일 이전의 경비)를 공제하여 구합니다.

  • G = B – A – P
관리처분계획인가 전 양도차익(G) = 기존건물과 딸린 토지의 평가액(B) - 기존건물과 딸린 토지의 취득가액(A) - 필요경비 등(P)

관리처분계획인가 후 양도차익 계산

관리처분인가 이후의 양도차익은 양도가액에서 기존주택 취득가액을 공제하는 대신에 관리처분계획 인가일을 기준으로 기존주택의 취득가액이라고 볼 수 있는 기존주택 평가액을 공제합니다.

또한, 양도이익을 구하는 것이므로 지출된 필요경비(관리처분인가일 이후의 경비)도 공제하고, 납부된 분담금(청산금)도 공제합니다.

  • H = D – (B+C) – P
관리처분계획인가 후 양도차익(H) = 양도가액(D) - 기존건물과 딸린 토지의 평가액(B) - 납부한 분담금(청산금, C) - 필요경비 등(P)

분담금(청산금)을 납부하는 조합원입주권 양도세 계산 사례

  • 기존주택 및 딸린 토지 취득가액(A) : 5억원
  • 기존주택 및 딸린 토지 평가액(B) : 9억원
  • 납부된 청산금(분담금)(C) : 4억원
  • 조합원입주권 양도가액(D) : 15억원

기존주택은 5억원에 취득하였고, 관리처분인가 기준 기존주택 평가액은 9억원이며, 청산금 4억원을 납부한 조합원입주권을 15억원에 양도했다면, 양도차익은 6억원(=4억원+2억원)입니다.

  • 관리처분계획 인가 전 양도차익
    • 4억원=9억원-5억원
  • 관리처분계획 인가 후 양도차익
    • 2억원=15억원-9억원-4억원

조합원입주권 양도세 계산(청산금 수령)

조합원입주권 양도세 계산(청산금 수령)
조합원입주권 양도세 계산(청산금 수령)

조합원입주권 양도차익 계산

우선, 조합원입주권 양도차익은 2가지로 구분됩니다.

  • 관리처분계획인가 전 양도차익
  • 관리처분계획인가 후 양도차익

다음, 양도차익은 양도가액에서 취득가액과 필요경비를 공제하여 구합니다.

양도차익 = 양도가액 - 취득가액 - 필요경비

관리처분계획인가 전 양도차익 계산

청산금을 수령하면 위에서 설명드린 것과 같이 청산금에 관한 양도세가 별도로 부과되므로 조합원입주권 양도세 계산시 청산금 양도세를 반영하여 아래와 같이 계산합니다.

관리처분인가 이전의 조합원입주권 양도차익은 기존주택 평가액에서 기존주택 취득가액과 필요경비를 공제한 값에 청산금을 공제한 비율을 곱하여 계산합니다.

  • G = (B – A – P) X (B – C) / B
관리처분계획인가 전 양도차익(G) = [기존건물과 딸린 토지의 평가액(B) - 기존건물과 딸린 토지의 취득가액(A) - 필요경비 등(P)] X [기존건물과 딸린 토지의 평가액(B) - 수령한 청산금(C)] / 기존건물과 딸린 토지의 평가액(B)

관리처분계획인가 후 양도차익 계산

관리처분인가 이후의 조합원입주권 양도차익은 양도가액에서 기존주택 취득가액을 공제하는 대신에 관리처분계획 인가일을 기준으로 기존주택의 취득가액이라고 볼 수 있는 기존주택 평가액을 공제합니다.

또한, 양도이익을 구하는 것이므로 지출된 필요경비(관리처분인가일 이후의 경비)도 공제하고, 수령한 청산금은 더해야 합니다.

  • H = D – (B – C) – P
관리처분계획인가 후 양도차익(H) = 양도가액(D) - 기존건물과 딸린 토지의 평가액(B) + 수령한 청산금(C) - 필요경비 등(P)

청산금을 수령한 조합원입주권 양도세 계산 사례

  • 기존주택 및 딸린 토지 취득가액(A) : 4억원
  • 기존주택 및 딸린 토지 평가액(B) : 8억원
  • 수령한 청산금(C) : 2억원
  • 조합원입주권 양도가액(D) : 10억원

기존주택은 4억원에 취득하였고, 관리처분인가 기준 기존주택 평가액은 8억원, 지급 받은 청산금은 2억원, 조합원입주권 양도가액은 10억원이라면, 양도차익은 7억원(=3억원+4억원)입니다.

(1) 관리처분계획 인가 전 양도차익은 3억원[=(8억원 – 4억원) X (8억원 – 2억원) / 8억원]입니다.

(2) 관리처분계획 인가 후 양도차익은 4억원(=10억원 – 8억원 + 2억원)입니다.

장기보유특별공제 보유기간

조합원 입주권 장기보유특별공제
조합원 입주권 장기보유특별공제

장기보유특별공제 계산

양도소득세 계산시 양도차익에서 공제되는 장기보유특별공제는 보유기간과 거주기간에 따라 공제율이 달라집니다.

1. 양도차익 = 양도가액 - 취득가액 - 필요경비
2. 양도소득금액 = 양도차익 - 장기보유특별공제
장기보유특별공제 = 양도차익 X 보유기간 및 거주기간별 공제율

표2 공제율 적용되는 경우

원조합원이 관리처분계획인가일과 철거일 중 빠른 날 기준으로 1세대 1주택 보유자에 해당(일시적 2주택 포함)하고, 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이면서 고가주택인 경우 장기보유특별공제 표2가 적용됩니다. 표2는 보유기간 및 거주기간에 따라 공제율이 달라집니다.

표1 공제율 적용되는 경우

표2가 적용되지 않는 경우(예를 들어 1세대 1주택에 해당되지 않거나 거주기간을 충족하지 못하는 경우 등)에는 표1의 공제율이 적용되는데, 보유기간이 3년 이상이어야 합니다. 표1은 보유기간에 따라 공제율이 달라집니다.

조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간

조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간(원조합원)
조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간(원조합원)

원조합원의 조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간

장기보유특별공제는 부동산의 경우(주택의 형태로 보유한 기간)만 적용되고, 권리(입주권의 형태로 보유한 기간)에는 적용되지 않습니다.

원조합원이 조합원입주권을 양도하는 경우 장기보유특별공제율을 결정 짓는 보유기간은 주택의 형태로 보유한 기간(종전주택 취득일부터 관리처분계획인가일까지)으로 계산합니다.

만약 표1을 적용하고 싶다면 거주기간도 2년 이상이어야 하는데, 거주기간은 보유기간 내에서 실제로 거주한 기간으로 계산합니다.

원조합원의 조합원입주권 양도차익과 장기보유특별공제

그런데, 조합원입주권을 양도하는 경우 양도차익은 관리처분인가일 이전과 이후로 구분됩니다. 따라서 주택의 형태로 보유한 기간은 관리처분계획인가일 이전이므로 장기보유특별공제는 관리처분계획 인가일 이전의 양도차익(종전주택 양도차익)에만 적용됩니다.

관리처분계획인가일 이후 철거 전까지 거주한 경우

예를 들어 원조합원 A가 종전주택 취득일 이후 관리처분계획인가일까지 18개월을 거주하였고, 관리처분계획인가일 이후 철거되지 않는 종전주택에 7개월을 추가로 거주했습니다. A가 1세대 1주택에 해당될 경우 표2가 적용될 수 있을까요?

이 경우 그 7개월의 거주기간은 장기보유특별공제 중 표2의 적용 여부를 결정하기 위한 거주기간 요건(2년 이상) 판단시에는 포함되지만, 표2에서 거주기간에 따라 달라지는 공제율을 결정할 때는 그 7개월의 거주기간은 제외됩니다.

사전-2023-법규재산-0141
1주택을 보유한 1세대가 해당 1주택의「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획인가로 취득한 조합원입주권의「소득세법」제95조제2항 단서의 표2 적용대상 여부를 판정함에 있어, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 관리처분계획의 인가일 이후 철거되지 않은 기존주택에 거주하는 경우, 해당 거주기간을 포함하여 판정하는 것이나,「소득세법」제95조제2항 「표2」의 거주기간별 공제율 산정시에는 해당 거주기간을 포함하지 않는 것입니다.
조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간(승계조합원)
조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간(승계조합원)

승계조합원의 조합원입주권 장기보유특별공제

관리처분계획 인가일 이후에 조합원입주권을 취득하면 승계조합원에 해당하는데, 승계조합원이 조합원입주권을 취득했다가 양도하는 경우 주택의 형태로 보유한 기간이 없으므로 장기보유특별공제는 적용되지 않습니다(소득세법 제95조 제2항).

서면4팀-1946, 2005.10.21
【질의】
재건축아파트의 고가입주권을 양도하고 양도소득세를 계산하는 과정에서 양도차익에 대한 장비보유특별공제를 함에 있어서 기존부동산의 양도차익에 대하여만 공제를 하는지 아니면 권리부분에 대한 양도차익에 대하여도 공제를 할 수 있는지.
【회신】
「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.

재건축에서 장기보유특별공제 보유기간 차이

재건축 장기보유특별공제 보유기간
재건축 장기보유특별공제 보유기간

재개발 재건축 아파트 장기보유특별공제 보유기간

원조합원의 장기보유특별공제 보유기간은 주택의 형태로 보유한 기간과 재건축 공사기간까지 모두 합산(기존주택 취득일부터 신축아파트 양도일까지)되어 계산되는 반면, 승계조합원의 장기보유특별공제 보유기간은 주택 형태로 보유한 기간(신축아파트 준공일부터 양도일까지)으로 계산됩니다.

조합원 입주권 장기보유특별공제 보유기간
조합원 입주권 장기보유특별공제 보유기간

조합원입주권 장기보유특별공제 보유기간

원조합원이 조합원입주권을 양도할 경우 주택의 형태로 보유한 기간을 합산(기존주택 취득일부터 관리처분인가일까지)하여 장기보유특별공제가 인정되는 반면, 승계조합원이 조합원입주권을 양도할 경우 권리로 취득했다가 권리로 양도하는 것이므로 장기보유특별공제가 인정되지 않습니다.

조합원입주권 양도세 세율 보유기간

재건축 아파트와 조합원입주권 양도세 세율과 보유기간
재건축 아파트와 조합원입주권 양도세 세율과 보유기간

조합원입주권 양도소득세 세율

조합원입주권을 양도하는 경우, 보유기간이 1년 미만이면 양도세율은 70%이고, 보유기간이 1년 이상 2년 미만이면 양도세율은 60%이며, 보유기간이 2년 이상이면 양도세율은 기본세율인 6~45%입니다.

조합원입주권 양도세 세율 보유기간
조합원입주권 양도세 세율 보유기간

조합원 입주권 양도소득세 세율

원조합원이 조합원입주권을 양도할 때 양도세 세율을 결정 짓는 보유기간의 경우 멸실된 종전주택으로 보유한 기간도 합산되므로 보유기간은 기존주택 취득일부터 조합원입주권 양도일까지 계산됩니다.

승계조합원이 조합원입주권을 양도하는 경우 보유기간은 순수하게 입주권을 보유한 기간 만큼(조합원입주권 취득일부터 양도일까지)으로 계산합니다.

조합원입주권 보유기간이 2년 이상인 경우(양도소득세 기본세율)
조합원입주권 보유기간이 2년 이상인 경우(양도소득세 기본세율)

조합원입주권 양도세 세율 사례

예를 들어 A가 관리처분계획 인가 이전에 주택을 취득했다면 원조합원에 해당하고, 원조합원의 보유기간은 종전주택 취득일부터 입주권 양도일까지 계산되므로 보유기간 2년 이상을 쉽게 충족할 수 있을 것입니다. 보유기간이 2년 이상이면 기본세율이 적용됩니다.

반면, A가 관리처분계획 인가 이후에 주택(입주권)을 취득했다면 승계조합원에 해당되고, 승계조합원의 보유기간은 조합원입주권을 취득일부터 양도일까지 계산됩니다. 보유기간이 1년 미만이면 양도세 세율은 77%(지방소득세 포함)이고, 1년 이상 2년 미만이면 66%(지방소득세 포함)입니다.

사전-2021-법령해석재산-1152
원 조합원이 조합원입주권을 양도할 경우 양도소득세 세율 적용시 보유기간은 종전토지 및 건물의 취득일부터 양도일까지의 기간으로 계산함